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Le SINGLE STEP, la nouvelle méthode d'évaluation génétique et génomique
3 novembre 2022
La méthode dite du SINGLE STEP s’impose dans l’évaluation génétique des animaux d’élevage. Au lieu de deux dans l'ancienne méthodologie, une seule étape de calcul peut, en effet, suffire à déterminer la valeur génétique d’un individu en fusionnant d’emblée évaluation polygénique, génomique et généalogique. L’objectif est de corriger les biais peu à peu générés par l’avènement de la génomique. Un logiciel nouveau, plus puissant, est en cours de test au sein de l’Unité mixte technologique (UMT) eBIS Eliance-INRAE-Idele de Jouy-en-Josas (Yvelines).
La plupart des pays parmi les plus avancés en matière de technologie de sélection ont, en effet, engagé des travaux en vue de déployer cette méthodologie. En France, l’unité mixte technologique (UMT) eBIS a posé les bases de ce déploiement initié au début de l'année. Le SINGLE STEP est d'ores et déjà reconnu pour ses apports en matière de richesse d’information et de précision d’évaluation. A terme, l’enjeu est pour les filières françaises de sélection, de continuer à pouvoir disposer de programmes de sélection compétitifs, notamment capables de répondre dans un proche avenir aux défis sociétaux et environnementaux (bien-être animal, gaz à effet de serre, efficacité alimentaire, etc.).
Le principe de la sélection génomique était, in fine, de pouvoir disposer d’un typage indépendamment de toute information de performance pour un animal donné afin de pouvoir déduire rapidement la valeur génétique de celui-ci. Mais cette méthode génomique à double séquence de calcul, « livrée à son seul principe », s’exposait à des biais statistiques. Les animaux choisis pour être génotypés ne l'étaient, en effet, pas par hasard. Ils bénéficiaient d’une sorte de « présomption d’intérêt » dans la mesure où l’on ne choisissait que les bons… En revanche, ceux qui n'étaient pas retenus comme candidats échappaient au typage et sans ascendance génotypée étaient perdus pour l’évaluation alors même que potentiellement intéressants.
La nouvelle méthode repose sur les mêmes principes que l’évaluation génétique classique menée avec la méthode BLUP, à la différence que les informations de parenté combinent d’emblée la source généalogique et la source génomique. « L’inclusion de l’information génomique dans la matrice de parenté permet de faire profiter l’ensemble des animaux non génotypés de l’information génomique à travers les relations de parenté », explique-t-on au sein de l'UMT eBIS. Mais l’inverse est vrai aussi : Les animaux non génotypés génèrent des informations profitables aux animaux génotypés.
En mars 2022 les valeurs génétiques des races bovines laitières sont pour la 1ère fois calculées grâce à la méthode SINGLE STEP au sein des entreprises de sélection Auriva-Elevage et Origenplus.
Le déploiement de cette méthode est le fruit d'un projet collaboratif appelé UniGéno, piloté par l'Institut de l'Elevage, en partenariat avec GenEval, Eliance, INRAE, l'UMT eBIS, Valogène, Races de France, Génération Charolais, IngenomiX et le Lycée des Vaseix.
Le principe de la sélection génomique était, in fine, de pouvoir disposer d’un typage indépendamment de toute information de performance pour un animal donné afin de pouvoir déduire rapidement la valeur génétique de celui-ci. Mais cette méthode génomique à double séquence de calcul, « livrée à son seul principe », s’exposait à des biais statistiques. Les animaux choisis pour être génotypés ne l'étaient, en effet, pas par hasard. Ils bénéficiaient d’une sorte de « présomption d’intérêt » dans la mesure où l’on ne choisissait que les bons… En revanche, ceux qui n'étaient pas retenus comme candidats échappaient au typage et sans ascendance génotypée étaient perdus pour l’évaluation alors même que potentiellement intéressants.
La nouvelle méthode repose sur les mêmes principes que l’évaluation génétique classique menée avec la méthode BLUP, à la différence que les informations de parenté combinent d’emblée la source généalogique et la source génomique. « L’inclusion de l’information génomique dans la matrice de parenté permet de faire profiter l’ensemble des animaux non génotypés de l’information génomique à travers les relations de parenté », explique-t-on au sein de l'UMT eBIS. Mais l’inverse est vrai aussi : Les animaux non génotypés génèrent des informations profitables aux animaux génotypés.
En mars 2022 les valeurs génétiques des races bovines laitières sont pour la 1ère fois calculées grâce à la méthode SINGLE STEP au sein des entreprises de sélection Auriva-Elevage et Origenplus.
Le déploiement de cette méthode est le fruit d'un projet collaboratif appelé UniGéno, piloté par l'Institut de l'Elevage, en partenariat avec GenEval, Eliance, INRAE, l'UMT eBIS, Valogène, Races de France, Génération Charolais, IngenomiX et le Lycée des Vaseix.
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