Doctorant(e) en génomique bovine
ELIANCE
Emploi sur Jouy-en-Josas à partir du Janvier 2027
Contrat en CDI
ELIANCE
ELIANCE, l’UMT eBIS et l’UMR GABI recrutent un(e) doctorant(e) dans le cadre d’un projet de thèse CIFRE consacré à l’étude des éléments transposables chez les bovins. Le ou la doctorant(e) sera recruté(e) par ELIANCE et travaillera au sein de l’UMT eBIS sur le centre INRAE de Jouy-en-Josas, en interaction avec des équipes de recherche en génomique animale, bio-informatique et sélection bovine.
Eliance est la fédération des entreprises de conseil et service en élevage de ruminants. Née de la fusion entre Allice, la fédération nationale de sélection et de reproduction animale, et France Conseil Elevage, la fédération nationale des entreprises de conseil en élevage, Eliance accompagne ses entreprises afin d’avoir toujours une longueur d'avance sur le terrain et de bâtir ensemble l’avenir durable d’un élevage responsable, compétitif et rémunérateur. Certaines de ces entreprises figurent parmi les leaders mondiaux du secteur. Eliance représente et défend l’ensemble des filières de conseil, d’insémination bovine, caprine et ovine sur le plan national, européen et international. Elle mène également des programmes de recherche, développe l’innovation, assure des missions d’accompagnement pour l’ensemble de ses adhérents.
Ce doctorat s’inscrit en partenariat étroit avec l’INRAE (UMR GABI) et l’Institut de l’Elevage au sein de l’UMT eBIS. Les travaux de R&D que l’UMT conduit permettent d’améliorer les connaissances et de développer des outils contribuant à la durabilité de l’élevage bovin dans ses dimensions économiques, sociétales et environnementales. Ses activités se construisent en forte synergie entre la sélection génomique et l’analyse de la variabilité génétique, deux axes thématiques fortement marqués par les nouvelles technologies de génotypage, de séquençage et de bio-informatique.
Dans le cadre de ce partenariat, nous recrutons un(e) candidat(e) pour le projet de thèse :
« GENTRAP : décrypter le rôle des éléments transposables dans la diversité génétique et les caractères d’intérêt chez les bovins grâce au séquençage longue lecture »
Description du poste
Les éléments transposables (Transposable Elements, TE) représentent une proportion importante du génome bovin et constituent une source majeure de variation génétique. Longtemps considérés comme de simples séquences répétées, ils sont aujourd’hui reconnus comme des acteurs essentiels de l’évolution des génomes, capables de modifier l’expression des gènes, la structure chromosomique, la diversité génétique, et peuvent modifier les caractères.
Malgré leur importance biologique, les TE restent largement absents des approches actuelles de sélection génomique, principalement en raison des difficultés techniques liées à leur détection avec les technologies de séquençage classiques. L’essor du séquençage longue lecture, notamment PacBio HiFi et CLR, ouvre désormais de nouvelles perspectives pour caractériser précisément ces TE et évaluer leur impact sur les performances des animaux.
Le projet GENTRAP ambitionne de réaliser la première cartographie à grande échelle des éléments transposables polymorphes dans les populations bovines françaises et d’étudier leur contribution à la diversité génétique ainsi qu’à des caractères d’intérêt économique tels que la production laitière, la croissance, la fertilité ou la robustesse sanitaire.
Cette thèse se situe à l’interface de la génomique, de la bioinformatique, de la génétique des populations et de la sélection animale.
Le (la) candidat(e) sera plus particulièrement en charge de :
- L’identification et l’annotation les éléments transposables polymorphes présents dans le génome bovin.
- Le développement d’approches robustes de génotypage des TE combinant méthodes read-based et analyses par k-mers.
- L’étude de l’impact des TE sur la diversité génétique et la structure des populations bovines.
- La réalisation d’analyses d’association (GWAS) afin d’identifier les TE impliqués dans les caractères d’intérêt économique.
- Proposer de nouveaux marqueurs susceptibles d’être intégrés dans les futurs programmes de sélection génomique.
Le projet s’appuie sur des jeux de données génomiques uniques comprenant 171 génomes bovins séquencés en long-read (technologies HiFi et CLR), plus de 2034 animaux séquencés en short-read appartenant à 41 races bovines françaises, ainsi que des données de genotypage et de nombreux phénotypes d’intérêt zootechnique.
L’objectif de cette thèse est d’améliorer la compréhension des mécanismes génétiques et évolutifs qui façonnent le génome bovin, et de contribuer au développement de nouvelles approches pour la sélection génomique. Les travaux réalisés donneront lieu à des publications scientifiques et à des communications lors de congrès nationaux et internationaux.
Compétences requises
- Maîtrise du français (oral et écrit) requise
- Diplôme requis : : Master ou équivalent (Bac +5)
- Formation recommandée : Master ou équivalent (Bac +5) en bio-informatique et/ou génomique et/ou génétique
- Aptitudes recherchées :
- Aptitudes relationnelles et autonomie
- Bonne maîtrise de l’environnement Linux.
- Compétences en programmation, notamment en Python et/ou R.
- Aptitude rédactionnelle et communication orale
- Bonne maîtrise de l’anglais, à l’écrit comme à l’oral
Informations complémentaires
- Durée : 36 mois à partir de janvier 2027
- Encadrement : Mekki Boussaha & Marie-Pierre Sanchez (INRAE)
- Co-encadrement : Corentin Fouéré & Sébastien Fritz (ELIANCE)
- Ecole doctorale : ABIES
- Localisation / conditions du poste : le poste est localisé sur le centre INRAE de Jouy-en-Josas (à 17 km de Paris), avec des déplacements possibles en France et à l’étranger.
- Salaire brut annuel : 28 k€ HT
- Avantages : Mutuelle & Prévoyance, Restaurant d’entreprise ou tickets restaurants, Participation carte de transport en commun, OEuvres sociales et culturelles (plateforme Tempeos), Cadre de travail flexible avec possibilité de télétravail (2 à 3 jours par semaine).
- Renseignements et candidature : envoyer CV et lettre de motivation à mekki.boussaha@inrae.fr, marie-pierre.sanchez@inrae.fr; corentin.fouere@eliance.fr; sebastien.fritz@eliance.fr.
- Date limite des candidatures : Examen des candidatures jusqu’au 15/09/2026
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